두 번 이상의 뇌전증 발작이 특별한 유발요인 없이 나타날 때 약물치료가 시작됩니다. 환자의 뇌전증 유형과 나이, 비용, 그리고 부작용 등을 고려하여 가장 적합한 처방에 따라 치료하게 됩니다.

뇌전증 발작의 종류와 뇌전증 증후군에 따라 사용하는 약물이 조금씩 차이점이 있으므로 신경과 전문의와 잘 상의해야 합니다. 또한 뇌전증약물은 단독요법을 먼저 시도하는 것이 원칙이며 부득이한 경우 복합요법을 시행하는데 이 경우에는 약물상호 작용에 의해 부작용이 나타날 수 있습니다. 또한 다른 약물들과 같이 사용할 때, 특히 경구피임제나 항응고제 사용시 약물의 혈중농도가 변할 수 있어 주의해야 합니다.

대부분의 경우 약물 치료에 잘 반응하여 한 가지의 약물로 잘 조절되는 경우가 전체의 65% 정도 되고 25% 정도는 여러 가지 약을 병용 투여해야 되는 것으로 되어 있습니다. 그러나 나머지 10% 남짓의 환자의 경우는 어떤 약을 써도 발작이 적절히 조절되지 않습니다. 난치성 뇌전증 환자들의 경우에는 여러 항경련제의 복합요법으로 인하여 졸음, 집중 곤란, 무기력함 등과 같은 중독성 중추신경계 부작용이 나타나게 됩니다.

약물로 발작이 잘 조절되지 않는 난치성 뇌전증 환자들은 약물 외 치료 방법을 고려하여야 합니다.

약물로 발작이 잘 조절되지 않는 환자 중에서 수술적 요법으로 치료가 가능하고 수술적 요법이 약물 치료보다 유리한 경우 뇌수술을 고려하여야 합니다. 최근의 발달된 뇌영상 및 수술 기법들로 인하여 과거에 수술대상이 되지 못했던 환자들도 점차 수술 치료가 가능해지고 있습니다.

가장 보편적인 수술 방법은 부분 절제술 입니다. 여러 검사를 통해 발작의 초점을 찾아내고 바로 그 부분을 제거하는 방법입니다. 이 외에도 드물게 사용되는 기능적 대뇌반구절제술과 뇌량절개술이 있습니다. 난치성 뇌전증 환자 중에서 절반 이상은 수술적 치료가 불가능하거나 적합하지 않습니다. 또한 뇌의 일부를 제거하거나 열로 응고시키는 뇌수술은 뇌기능을 저하시킬 수 있습니다.

미세한 전기자극을 미주신경에 전달하여 발작의 횟수와 강도를 줄이는 치료법입니다. 장기적으로 치료 효과가 지속되며, 어떠한 약물과도 상호작용하지 않는다는 장점이 있습니다. 추가적으로 인지능력 향상, 기분 개선 등의 삶의 질 향상 효과도 나타나게 됩니다. 자극자체에 대한 경미한 부작용이 있을 수 있으나, 시간이 지남으로서 현저히 감소하거나 없어지게 됩니다. 또한 약물과 같은 중독성 중추신경계 부작용을 갖고 있지 않습니다.

미주신경자극기 시스템이 고가라는 단점이 있었으나, 건강보험 급여가 적용되면서 환자의 비용부담이 현저히 줄어 들었습니다. 또한 1~2시간이 소요되는 시술을 받아야 하는 단점이 있습니다.

케톤식이요법 보통 12세 이하 간질 환아에게 당 성분을 완전히 소진시키고 지방이 많이 함유된 음식을 주로 공급하는 소아간질을 치료하기 위한 식이요법입니다. 최소한 한 달 동안 관찰 후에 효과가 인정되면 2년 정도 케톤식이요법을 지속하고, 발작이 조절됨에 따라 항경련제의 복용도 점차 줄여나가게 됩니다. 다만 장기간 철저하게 식이요법을 지속하기 어렵고, 충분한 영양공급이 부족할 수있습니다.